Hola Cristina!
Lo ideal es comerla antes, ya que la fruta es básicamente fructosa (azúcar) y agua en un 90-95%. Esto significa que una vez ingerida, pasa rápidamente al estómago pero son digeridas en el intestino delgado por eso se recomienda comerlas con el estómago vacío.
Si se toman después de las comidas, la fruta queda prácticamente atrapada en el estomago por encontrarse lleno, y sus azúcares en lugar de liberarse, se fermentan, ocasionando, en muchas ocasiones, acidez. Además, la fruta es rica en sustancias ácidas capaces de estimular las secreciones de nuestro estómago, lo que a su vez ayuda a hacer bien la digestión.

Un Saludo!